Ríos y lagos

Alrededor de un 62% del territorio cubierto por una amplia red fluvial pertenece a la cuenca del Mar Negro. A esa cuenca pertenecen los ríos croatas más largos, el río Sava (562 km) y el río Drava (505 km), que, igual que el Danubio al que afluyen, son en gran parte ríos que representan fronteras naturales.

Los principales afluentes del Sava son Sutla, Krapina, Kupa (el río más largo cuyo flujo entero se encuentra en Croacia), Lonja y Una. Los principales afluentes del Drava son Mura, Bednja y Karašica, mientras que Vuka es el afluente del Danubio. Generalmente tienen un nivel alto en invierno y bajo en verano, con la excepción de los ríos Drava y Mura. La principal vía navegable es el Danubio. El Drava es navegable para mayores embarcaciones hasta Osijek, y el Sava hasta Sisak.

Mapa hidrográfico
El Danubio cerca de Vukovar es una de las principales vías fluviales interiores europeas.
Majerovo vrilo/manantial de Majer, una de varias fuentes de Gacka, río subterráneo de Lika, conocido por la cría de trucha
Lagos Baćinska cerca de Ploče forma parte de la Red Ecológica Nacional (en el marco de la red ecológica de la UE Natura 2000).

En la zona de captación adriática, que abarca un 38% del territorio, la red hidrográfica tiene una menor extensión por la composición dominantemente calcárea, y los ríos surgen de abundantes manantiales, con una caída más estrepitosa y un curso fluvial más corto. Los mayores ríos son Mirna, Zrmanja, Krka, Cetina, y el más grande es el Neretva, a pesar de pasar por tan solo 20 km por Croacia, donde también es navegable. A la cuenca del Adriático también pertenecen los ríos subterráneos kársticos (Lika, Gacka).

La boca del río Cetina cerca de Omiš. En el Cetina hay varias centrales hidroeléctricas construidas, y una de ellas, Zakučac, cerca de Omiš, tiene la mayor capacidad productiva en el país.
Lago Vransko, entre Zadar y Šibenik por su superficie el lago más grande del país; es un rico hábitat ornitológico y fondo de peces (anguilas); desde 1999 parque natural.
El río Korana, afluente del Kupa, al sur de Karlovac, es uno de los ríos de la cuenca hidrográfica del mar Negro en la zona kárstica del país.
El río Zrmanja, que corta el altiplano kárstico en el interior de Zadar.

Hay lagos en todo el país, generalmente de superficie pequeña. El más grande lago natural es el Vransko (30,7 km²) cerca de Biograd. En el mundo los más conocidos son los pintorescos lagos de Plitvice de Lika. De los lagos artificiales, hechos para las necesidades de las plantas hidroeléctricas, los más grandes son: Dubrava (17,1 km²) y el lago de Varaždin (10,1 km²) en el Drava y el lago de Peruća (13 km²) en el Cetina.

De acuerdo a la proporción entre la superficie terrestre y las reservas de agua subterráneas, Croacia se encuentra entre los primeros países del mundo, y según la cantidad de reservas de agua per cápita es el tercer país de Europa,  después de Islandia y Noruega.