In linea con gli standard europei, l'istruzione superiore croata ha adottato le migliori caratteristiche del processo di Bologna nelle sue università, contribuendo alla crescente integrazione della scienza e degli scienziati in Europa. I sistemi educativi e scientifici croati contemporanei si basano su una tradizione che risale al 1396, quando fu fondata la prima università a Zara, mentre l'università più grande, quella di Zagabria, risale al 1669. Tra i numerosi scienziati e inventori croati, Ruđer Bošković (1711–87) e Nikola Tesla (1856–1943) hanno contribuito in particolare alla scienza internazionale. Ruđer Bošković, gesuita, matematico, astronomo, filosofo, diplomatico e poeta, si distinse per la teoria dell'atomistica come uno dei fisici più rispettati, tanto che un cratere sulla luna porta il suo nome. L'odierno sistema di trasmissione dell'energia elettrica sarebbe impensabile senza l'inventore Nikola Tesla, il creatore della prima centrale idroelettrica alle Cascate del Niagara, e del motore elettrico presente in quasi tutti gli elettrodomestici. Le tracce del pensiero creativo croato sono presenti anche nelle altre invenzioni che fanno parte della vita quotidiana moderna, come ad esempio la cravatta, il paracadute, la penna, il dirigibile, il lettore mp3 o il sistema di identificazione delle impronte digitali. Tale eccellenza scientifica è riconosciuta soprattutto dal Premio Nobel, assegnato a due chimici croati, Lavoslav Ružička (1939) e Vladimir Prelog (1975).